Obwohl Münnerstadt erst 1335 das Stadtrecht erhielt, war bereits um 1270 jegliche Infrastruktur vorhanden, die einer mittelalterlichen Stadt ihre Prägung gab. In erster Linie bestimmt der Markt das Gesicht einer mittelalterlichen Stadt, welcher im Falle Münnerstadts erstmals 1272 erwähnt wurde. Die verschiedenen Wochenmärkte, Jahrmärkte und die Michelsmesse zogen die ländliche Bevölkerung an, und somit wuchs und gedieh die Stadt durch Handel und Gewerbe.

Im Jahre 1279 stellten sich erstmals einige Mönche des Augustinerordens dem damaligen Rat der Stadt und dem Grafen Berthold V. von Henneberg vor und baten um die Gründung eines Klosters. Zur damaligen Zeit und in den Jahrhunderten zuvor waren die Augustiner, aufgrund Ihrer schwarzen Gewänder auch als "schwarze Mönche" bekannt. Es waren erst 23 Jahre vergangen, seit Papst Alexander IV. am 09. April 1256 die verschiedenen Eremitenkongregationen, welche nach den Regeln des heiligen Augustinus lebten, zum Orden der Eremiten des hl. Augustinus zusammenfaßte und den "Bettelorden" zuzählte. Das Einsiedlerdarsein in den Wäldern oder in den Gebirgsgegenden wurde abgeschafft und die Mönche siedelten sich in den Städten an. Dies gewährleistete, daß die Ordensleute nun besser ihre eigentlichen Seelsorgeaufgaben, besonders die Predigertätigkeit, erfüllen konnten.

Bereits 1262 wurde das erste deutsche Augustinerkloster in Würzburg gegründet. Durch ihre Arbeit waren die Augustiner sehr bald nicht nur in der Stadt, sondern auch auf dem Land bekannt. Durch tatkräftige Unterstützung der Würzburger Ordensgemeinschaft und der Erlaubnis des Grafen von Henneberg, sowie dem Rat der Stadt konnte bereits 17 Jahre später das Münnerstädter Kloster eröffnet werden. So ist in der Gründungsurkunde vom 01. August 1297 zu lesen: "Der Schultheiß Heinrich, die Schöffen, die Ratsherren und alle Bürger der Stadt Münnerstadt übergeben den Augustinern mit Zustimmung und Einvernehmen der Grafen von Henneberg als Baugrund ein Gelände, das "Vogelweide" heißt und innerhalb der noch nicht lange erbauten Stadtmauer im Nordwesten beim "Dicken Turm" liegt. Die Urkunde gibt als doppelten Zweck der Gründung an: "Zur Ehre Gottes und zum nicht geringen nutzen der Seele".

In den Jahren nach der Gründung widmeten sich die Augustiner dem Aufbau der Klostergebäude. Der Bischof von Würzburg, Berthold von Sternberg, gewährte den "geliebten Brüdern vom Orden des hl. Augustinus" für ihre Münnerstädter Klostergründung einen Ablaß und machte alle Äbte, Prioren, Dekane und Kirchenrektoren seines Bistums auf diese Vergünstigung aufmerksam. Im späteren Verlauf stellte auch der Bamberger Bischof den Augustinern, auf ihre Bitte hin, einen Ablaßbrief aus. 1282 gewährten fünf weitere Bischöfe den Augustinern ebenfalls diesen Ablaß. Auch die Bevölkerung hatte mittlerweile Zutrauen zu den Augustinern gefaßt und half ihnen durch Spenden und fromme Stiftungen. Durch die damals allgemein hohe Sterblichkeit ist es verständlich, daß fromme Stifter die Mönche um ihr Gebet für die Toten angingen und das Gebet eine der Hauptaufgaben in jener Zeit wurde. Unter den vielen Spendern wird als große Wohltäterin Frau Gertrud (genannt Prelin) genannt, die nach einer Urkunde aus dem Jahre 1303 dem Kloster ein reiches Almosen zur Vollendung des Klostergebäudes vermacht hat.